A partir do estudo de caso fornecido pelo trabalho científico de José Bonifácio, discute-se a necessidade de uma metodologia para a abordagem das ciências no Brasil que dê conta das particularidades de sua colonização e desenvolvimento. Acentua-se que a análise de documentos deve ser feita em termos da produção coetânea e de seu papel para a institucionalização de uma determinada área da ciência.